Durch das Öffnen des Spülwasserausgangs entweicht etwas Wasser und es entsteht ein Unterdruck im BubbleBead, weil von Oben keine Luft einströmen kann, die Klappe ist ja geschlossen. Durch das Lufteinlassrohr unterhalb der Verengung, wird jetzt Luft in den BubbleBead gesaugt und steigt im BBF nach oben. Das Lufteinlassrohr besteht aus einem Luftzerstäuber (1), damit  feine Luftblasen entstehen, einem PVC-Rohr (2), welches dafür sorgt, dass die Luftblasen in der Mitte des BBF nach oben steigen und einem Rückschlagventil. Dies Rückschlagventil öffnet nur, wenn ein Unterdruck im BubbleBead entsteht und lässt dann Luft hineinströmen. Wenn die Pumpe Wasser in den BubbleBead pumpt, ist das Ventil geschlossen.

An der Verengung mischt sich das nach unten strömende Wasser, inklusive Beads und Schmutz und die nach oben steigenden Luftblasen so stark, das die Schmutzpartikel von den Beads abgewaschen werden. Der Bakterienfilm wird dabei aber nicht entfernt. Das Schmutzwasser mit den Partikeln läuft unten aus dem BubbleBead durch den Schmutzwasserausgang (4) heraus. Ein Sieb (6) verhindert, das Beads heraus gespült werden.

Wenn sich der BubbleBead nach wenige Minuten vollkommen entleert und dabei gereinigt hat, wird die Pumpe wieder angeschlossen und der Filter läuft wieder im Normalbetrieb. Die Klappe im Auslauf öffnet sich und die Ventile verändern ihre Position automatisch.

Bei einem Stromausfall überlebt die Biologie, d.h. die Bakterien, im BubbleBead wesentlich länger als bei klassischen Kammerfiltern, weil durch den Stromausfall automatisch ein Spülvorgang gestartet wird, welcher das Filtermaterial von Schmutz reinigt und es sofort mit frischer Luft, also Sauerstoff, versorgt. Dies funktioniert aber nur, wenn der Kugelhang am Spülwasserausgang immer geöffnet ist. Dann besteht aber auch das Risiko, wenn die Pumpe Luft ansaugt, weil der Wasserspiegel zu gering ist, ein Spülvorgang gestartet wird. Danach fehlt noch mehr Wasser.

Bei einem klassischen Filter beginnen nach spätestens 60 Minuten die Bakterien abzusterben und nach 2 Stunden ist die Biologie im Filter fast komplett abgestorben. Springt dann die Pumpe wieder an, wird u.a. jede Menge giftiges Nitrit in den Teich gepumpt und die Fische können dadurch vergiftet werden. Da im BubbleBead kein Wasser steht, sondern der Schmutz entfernt wurde und die Bakterien für einen längeren Zeitrum mit Sauerstoff aus der Luft versorgt sind, gibt es hier keine derartigen Probleme. Steht der Filter viele Stunden, kommt es auch hier zu einer Schädigung der Bakterien.